Восставшие арестанты несколько дней удерживали тюрьму под своим контролем, пока город не заняли части Красной Армии. Во время второй мировой войны и немецко-фашистской оккупации на территории гродненской тюрьмы, по официальным данным, сотрудниками гестапо были расстреляны и захоронены около двух тысяч человек. В основном это были советские военнопленные, белорусские партизаны и польские подпольщики.
После окончания войны тюрьма перешла в ведение МВД СССР, и там содержались главным образом уголовные преступники. В среде блатных Гродненский централ пользовался дурной славой. Связано это было с тем, что на территории тюрьмы всем заправляли «польские воры» и «суки», которые не придерживались уголовных понятий. В позднесоветский период гродненская «крытка» считалась одной из самых строгих на территории СССР. В ней мотали срок осуждённые, переведённые из исправительных колоний на тюремный режим для отбывания наказания. Плюс лица, которые за особо тяжкие преступления сразу были осуждены к тюремному заключению.
Именно тогда в гродненской тюрьме произошёл побег, единственный за всё послевоенное время. Случилось это 18 сентября 1982 года. В то время в тюрьме действовало мощное промышленное производство. Ради выполнения плана администрация порой шла даже на грубые нарушения инструкций. Рабочий день на производстве закончился, но семь опасных рецидивистов задержались в цехе, чтобы выполнить дневное задание. Охранять их остался только один контролёр. Воспользовавшись этим, уголовники набросились на конвойного и задушили его удавкой.